经学是清代正统学术，大师辈出，著作繁多，而轰动一时、影响深远的著作还是康有为的《新学伪经考》。
康有为是晚清维新思想家、戊戌变法的领导者。他早年曾研究陆、王心学及佛学，游历香港，涉猎西书，成为“向西方寻找真理”的代表人物。1888年，他首次上书清帝，初步提出变法图治的主张。温和的“上书”却遇到了巨大的阻力，未能到达光绪皇帝手中。康有为亲身感受到习惯势力和正统文化的压力。但他没有放弃维新事业，而是继续寻找变革的途径。1889年，康有为在广州晤见今文经学家廖平，于是开始研究今文经，试图从中求得变法维新的学理根据。至1891年8月，康有为的第一部重要著作《新学伪经考》14卷在广州刊行。
《新学伪经考》阐发了今文经学的某些观点。历来儒经有所谓“今文”“古文”之分。“今文经”是经秦焚书之后，由西汉学者口头传授、记录的儒经，均以西汉通行的文字“隶书”撰写，故称“今文经”。汉武帝以后，民间以及孔子住宅壁中又发现了以先秦文字“籀书”撰写的儒经，称之为“古文经”。西汉官方“经学博士”传授的都是今文经。至西汉末年，刘歆认为今文经是秦火剩下的残篇，请求将古文经《逸礼》《毛诗》《左传》等书立为官学。王莽当政时期，适应复古的政治需要，刘歆的主张得以逐步实现。今文经、古文经最初只是文本来源、篇目文字上的不同。随着此后经学趋于畸型繁荣，两者学术重心泾渭分明，思想分歧也很明显。于是，今、古文两派经学之争绵延不绝、高潮迭起，并且往往与文化格局乃至政治背景密切相关。
清嘉道年间，今文经学渐趋复兴。刘逢禄、魏源等今文家曾对某些古文经提出怀疑。《新学伪经考》则进而全面否定、攻击古文经。该书认为：西汉经学并没有什么古文经，凡古文经均由刘歆伪作。西汉十四博士所传授的儒经均为孔门足本，并无残缺。刘歆之所以制作“伪经”，是为了帮助王莽篡汉，建立“新朝”。所以，古文经学并不是真正的经学，而是“新学”。总之，如康有为在全书叙言中所说，历代流传的古文经是“伪经”，后世主要研究古文经的所谓“汉学”“乃新学，非汉学也，即人所尊述之经，乃多伪经，非孔子之经也”。于是，居于清代正统学术殿堂的“汉学”“宋学”都不是孔学真传，当然也不能发现孔孟的“微言大义”。
就学术上看，康有为把古文经学都指为“伪经”“新学”是缺少根据的。梁启超也认为乃师“往往不惜抹杀证据或曲解证据”。可见，《新学伪经考》并不是精审的“考”“辨”之作。但是，此书石破天惊的论断不仅否定了清代正统派汉学的立足点，而且打开了人们重新认识、估价一切传统典籍的闸门，从而冲击了正统学术文化，动摇了“恪守祖训”的观念，解放思想之功不言而喻。梁启超称之为晚清思想界的“大飓风”，并非过誉之辞。事实上，此书与其后的《孔子改制考》成为康有为拆散清代正统学术，重塑孔子和儒学的重要著作，也是戊戌维新的理论工具。
正因此，《新学伪经考》刊行后，可谓不胫而走，引起守旧士大夫的恐慌。1894年8月，守旧官僚给事中余联沅奏劾康有为“以诡辩之才，肆狂瞽之谈”，“扇惑后进”，“荒谬绝伦，诚圣人之蟊贼，古今之巨蠹也”。他请朝廷“焚《新学伪经考》而禁粤士从学”。帝师翁同则称此书是“说经家野狐禅”。随之，慈禧太后明令两广总督李瀚章“依议办理”。当时客居北京的梁启超等人闻讯后，四处奔走营救：既请沈曾植、黄绍箕疏通李瀚章，又请盛昱、文廷式致电广东学使，还求张謇、曾广钧向翁同说情。几经周旋，李瀚章上奏朝廷：康有为“溺苦于学，读书颇多”，本意是想尊崇孔圣，乃至怀疑儒经及传经的儒学家，立言虽不免乖违，但还算不上“惑世诬民”，因此，由此方官谕令“自行销毁，以免物议”，对康有为本人则“拟请毋庸置议”。这份具有折中色彩的奏章得到了朝廷的认可。
《新学伪经考》“奉旨毁版”，而风波并未平息。有的守旧官僚认为李瀚章这样做“意在保全康有为，实为逆犯谋乱我中国张本”。广州城内也对康氏“谤议沸腾”。康有为只得避走桂林等地讲学。另一方面，所谓“自行销毁”事实上又不能禁绝此书及其观点的流行。随着戊戌维新思潮的发展，《新学伪经考》成为新旧文化冲突的焦点之一。例如，当梁启超等人在湖南时务学堂讲学、传播乃师学说时，当地守旧士大夫就对康氏学术群起攻之。在《翼教丛编》中，叶德辉对《新学伪经考》的观点多加批驳，苏舆也指责康梁“伪六籍，灭圣经也”，“托改制，乱成宪也”。这些指责并非毫无根据，却反映了其中新旧思想之争的本质。戊戌变法失败后，清政府又于1898、1900年两次下令查禁、销毁《新学伪经考》。
《新学伪经考》可谓寓思想于学术之中，因而对清末民国年间的学术发展产生了影响。此书事实上范示了一种存疑求证的学术精神，彰显了传统学术蕴含的创新因素。梁启超说：此书出版后“有崔适者，著《史记探原》《春秋复始》二书，皆引申有为之说，益加精密，今文派之后劲也”。（《清代学术概论》）往远一点看，《新学伪经考》也推动了民国年间疑古辨伪学术的发展。1917年，此书终于公开在北京重印，1918年发行，从而得以更广泛地影响民国学人。这里，最显著的事例是推动“古史辨派”的兴起。
“古史辨派”的开创者顾颉刚在民初听章太炎讲学时，以为古文家都是合理的，而“今文家全是些妄人”，还不能走出古文经的壁垒。后来他读到《新学伪经考》，觉得“它的论辨的基础完全建立于历史的证据上”，于是对今文家平心了不少，终于摆脱传统经学流派的束缚，广泛地开展古史辨伪工作。刘节谈到“古史辨派”的兴起时，表示不能不佩服康有为的伟绩。因《新学伪经考》对古文家下了一场总攻击，“于是我们才知道自孔子以下直到刘歆，其间学者很少有几个人没有造过谣的”。在一定程度上，“古史辨派”的一些学者把自己当作康有为“疑古”“辨伪”学术的继承者。顾颉刚自称《古史辨》要能“比《新学伪经考》和《史记探原》逼进一层，就可以无愧于时代的使命”。在童书业看来，从《新学伪经考》到《古史辨》第7册的完成，“‘疑古’的学风更是进得飞快，由怀疑古文经到怀疑群经诸子，由怀疑儒家传统到怀疑夏以前的整个古史系统，这都是科学思想发展的自然趋势，虽有有力的反动者，也是无法加以遏止的。”（以上引文见《古史辨》第1—7册）因之，《新学伪经考》不仅促进了清末思想解放，而且推动了传统学术的更新、发展。
